プログラムは、以下の6つのファイルからなります。(vinomial_v014)
- binomial_v016.py (main program)
- element_35.py
- reaction_63.py
- utility_55.py
- utility_functions.py
- polymer_12.py
- setting_30.py
-
binomial_parameters_02.json
上の8つのファイルと、下記のような入力ファイル等をダウンロードできます。
入力ファイルの例
１．inp_Glycolysis_90.txt
解糖系のモデルです。基質や酵素、それらの反応中間状態も要素としてモデル化しています。
*ElementInOut で外部からの流入要素も定義できます
２．inp_immune_323.txt
簡単な免疫反応モデルです。単純化されているので正確なものではありませんが、ウイルスの増殖挙動等を調べることが出来ます。マクロファージやT細胞、B細胞などの挙動も表現可能です。
３．inp_MWC-allosteric_016.txt
生化学で用いられるヒル方程式ど同様の挙動を示す反応モデルです。ヘモグロビンに対する酸素の逐次結合を表現できます。
４．inp_feedback_408.txt
遺伝子発現で見られるフィードバックのモデル化です。システム生物学で言及されることが多い反応系を簡便にモデル化出来ます。inp_feedback_403.txtはフィードバックなしの場合です。
５．inp_feedforward_010.txt
遺伝子発現で見られるフィードフォワードのモデル化です。システム生物学で言及されることが多い反応系を簡便にモデル化出来ます。inp_feedback_403.txtはフィードバックなしの場合です。
６．inp_oscillation_010.txt
3成分振動系のモデルです。生物系の振動というよりは、数理的なモデルになります。
７．inp_exponential_401.txt、inp_exponential_402.txt
指数的な減少、増加のモデルです。前者は、ｘがyに変化する場合を表します。後者は、ｘの指数的な増加を示す数理的なモデルです。
8．inp_autocatalytic_111.txt
自己触媒反応のモデルになります。ｘとｙの数は保存されています。
9．inp_geneticDrift_130.txt
遺伝的遊動様の個体進化モデルです。A種とB種が競合して個体数が増えますが、適応度（増殖率）の高いB種が1個体から増えていく（もしくは消滅する）挙動が見られます。
10．inp_SIR_010.txt
感染症SIRモデルのシミュレーションです。
11. inp_test_038.txt
単純なテストプログラムです。要素NとPの交換反応と、それとは独立なSの線形増加が表示されます。
